Казалось, карьера Фарины входит в свою самую успешную фазу и он вот-вот потеснит лучших гонщиков мира, но этим надеждам помешала Вторая мировая война. На долгих шесть лет она лишила Европу автоспорта, нанесла тяжелый удар по командам и лишила будущего многих пилотов. Фарина пострадал больше других – ведь он не успел до конца раскрыть свой потенциал до войны, а в 1946-м, когда автосоревнования начали худо-бедно восстанавливаться, ему исполнилось уже 40. Но в подобную ситуацию попали и другие гонщики. И более того – быстро выяснилось, что главным итогом военных действий стало стремительное старение спорта. Ведь на протяжении долгих шести лет в автоспорт не приходили молодые пилоты, а многие из тех, что успели дебютировать в конце 1930-х, погибли во время бомбардировок и боевых действий. В результате война, лишив автоспорт молодого поколения, одновременно продлила карьеру старых мастеров. И в 1946 году, выйдя на старт Гран-при Парижа в составе команды Alfa Romeo, Фарина обнаружил среди оппонентов преимущественно хорошо известных ему соперников. За тем лишь немаловажным исключением, что немецкие команды в гонках участия не принимали.
В Париже Фарина до финиша не добрался, но уже в следующей гонке, Гран-при наций в Женеве, одержал победу, уверенно опередив напарников по команде: Карло Тросси и Жан-Пьера Вимилля. Вскоре он повторил свой успех в Сен-Кло. Однако во время финального Гран-при сезона, проходившего в итальянской Монце, руководство конюшни еще до старта отдало победу Тросси. Оскорбленный Фарина ушел из команды, хлопнув дверью, и пропустил весь сезон 1947 года. А в 1948-м, вернувшись на старт за рулем собственных Ferrari и Maserati, снова одержал ряд побед – в том числе на знаменитой трассе в Монако. Однако тогда же он впервые столкнулся с новым соперником -аргентинцем Хуаном Мануэлем Фанхио, до тех пор практически неизвестным в Европе. Впрочем, в то время еще никто не мог предположить, что Фанхио предстоит стать главным конкурентом Фарины и одним из величайших гонщиков в истории автоспорта.
В 1949 году стало известно об учреждении первенства мира по автогонкам в классе Formula 1. Первый Гран-при в рамках чемпионата должен был пройти уже в 1950-м, и перед Фариной встала сложная проблема: стало ясно, что со статусом частной «конюшни» рассчитывать на успех не приходится. Его Maserati 4 CLT уступала как старым Alfa Romeo 158, так и болидам команды Энцо Феррари, который к тому моменту уже создавал собственные машины. Однако в команде Энцо свободных мест не оказалось -там уже правила бал новая восходящая звезда итальянского автоспорта Альберто Аскари. Фарина рисковал остаться без заводской поддержки, но неожиданно команда Alfa Romeo оказалась без своих пилотов. В конце 1948 года на Гран-при Швейцарии погибает Варци, а уже в январе 1949-го на разминке перед южноамериканским Гран-при в смертельную аварию попадает Вимилль. Вскоре умирает от рака и Тросси. Знаменитая итальянская команда, потерявшая всех своих звезд, отказалась от участия в гонках 1949 года и в преддверии дебютного чемпионата мира спешно призвала в свои ряды трех F – Фарину, Фанхио и Фаджиоли. Все старые обиды были забыты.