Для модели предлагались четырехцилиндровые 16-клапанные бензиновые двигатели, которые в зависимости от рынка предназначения отличались своими характеристиками.Машины для Европы оснащались моторами 1,4 л (90 л.с.), 1,6 л (110 л.с.). На экземплярах из Северной Америки и Японии встречаются агрегаты объемом 1,7 л (125-130 л.с.), а на выпущенную малым тиражом модификацию Sport (Si) устанавливался двигатель 2,0 л (160 л.с.).
Впервые в истории модельного ряда Civic это поколение получило дизель (1,7 л, 100 л.с., система непосредственного впрыска топлива). На европейском рынке он пришелся ко двору: средний расход составляет 4,9 л/100 км, что при высокой цене на топливо весьма актуально. В Россию дизельные варианты не поставляются. А еще в 2004 году появилась версия седана с гибридным приводом (силовая установка сочетает в себе электромотор и бензиновый двигатель 1,3 л, 90 л.с.)